home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Arsenal Files 6 / The Arsenal Files 6 (Arsenal Computer).ISO / health / med9603.zip / M9630316.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-02-27  |  3KB  |  44 lines
  1.        Document 0316
  2.  DOCN  M9630316
  3.  TI    Single strand targeted triplex formation: targeting purine-pyrimidine
  4.        mixed sequences using abasic linkers.
  5.  DT    9603
  6.  AU    Kandimalla ER; Manning AN; Venkataraman G; Sasisekharan V; Agrawal S;
  7.        Hybridon, Inc., Worcester, MA 01605, USA.
  8.  SO    Nucleic Acids Res. 1995 Nov 11;23(21):4510-7. Unique Identifier :
  9.        AIDSLINE MED/96091203
  10.  AB    Foldback triplex-forming oligonucleotides (FTFOs) that contain an abasic
  11.        linker, [2-(4-aminobutyr-1-yl)-1,3-propanediol] (APD linker), in the
  12.        Hoogsteen domain against pyrimidine bases of a C:G and a T:A base pair
  13.        were studied for their relative stability and sequence specificity of
  14.        triplex formation. In general, the APD linker has less destabilizing
  15.        effect against a C:G base pair than a T:A base pair. Incorporation of
  16.        three APD linker moieties resulted in decreased binding to the target,
  17.        which was comparable to results observed with three imperfectly matched
  18.        natural base triplets. The APD linker incorporation did not result in
  19.        the loss of sequence specificity of FTFOs, unlike in the case of normal
  20.        triplex-forming oligonucleotides (TFOs). The introduction of a
  21.        positively charged abasic linker, however, resulted in decreased
  22.        stability of the triplex, because of loss of hydrogen bonding and
  23.        stacking interactions in the major groove. The results of a molecular
  24.        modeling study show that APD linker can be readily incorporated without
  25.        any change in the conformation of the natural sugar-phosphate backbone
  26.        conserving overall triple helix geometry. Further, the modeling study
  27.        suggests a hydrogen bond formation between the amino group of linker and
  28.        N4 of cytosine mediated by a solvent molecule (water) in the floor of
  29.        the base triplet in addition to a contribution from the positive charge
  30.        on the APD linker amino group. Either a direct or water-mediated
  31.        hydrogen bond between the amino group of the APD linker and the O4 of
  32.        thymine is unlikely when the linker is placed against a T:A base pair.
  33.  DE    Base Composition  Base Sequence  Butylamines/CHEMISTRY  Comparative
  34.        Study  Computer Simulation  *Genes, gag  HIV-1/*GENETICS  Models,
  35.        Molecular  Molecular Sequence Data  *Nucleic Acid Conformation  Nucleic
  36.        Acid Denaturation  Nucleic Acid Hybridization
  37.        Oligodeoxyribonucleotides/*CHEMISTRY  Propanediols/CHEMISTRY  RNA,
  38.        Messenger/CHEMISTRY  RNA, Viral/*CHEMISTRY  Spectrophotometry,
  39.        Ultraviolet  Structure-Activity Relationship  JOURNAL ARTICLE
  40.  
  41.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  42.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  43.  
  44.